โครงสร้างสำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัดนครนายก ตามคำสั่งสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ที่ 385/2561 ลงวันที่ 21 มีนาคม 2561 เรื่อง กำหนดหน่วยงานภายในและแบ่งหน้าที่ความรับผิดชอบ ในสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
สำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัดนครนายก เป็นหน่วยงานราชการบริหารส่วนภูมิภาค ประกอบด้วยส่วนงานต่างๆ ดังนี้
1. ส่วนอำนวยการ
2. ส่วนสิ่งแวดล้อม
3. ส่วนทรัพยากรธรรมชาติ
4. ส่วนทรัพยากรน้ำ
5. ส่วนยุทธศาสตร์