โครงสร้างสำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัดนครนายก ตามคำสั่งสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ที่ 385/2561 ลงวันที่ 21 มีนาคม 2561 เรื่อง กำหนดหน่วยงานภายในและแบ่งหน้าที่ความรับผิดชอบ ในสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม

สำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัดนครนายก เป็นหน่วยงานราชการบริหารส่วนภูมิภาค ประกอบด้วยส่วนงานต่างๆ ดังนี้

1. ส่วนอำนวยการ 

2. ส่วนสิ่งแวดล้อม

3. ส่วนทรัพยากรธรรมชาติ

4. ส่วนทรัพยากรน้ำ

5. ส่วนยุทธศาสตร์