โครงสร้างสำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัดนครนายก ตามคำสั่งสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ที่ 250/2566 ลงวันที่ 20 มีนาคม 2566 เรื่อง กำหนดหน่วยงานภายในและแบ่งหน้าที่ความรับผิดชอบ ในสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม มีผลตั้งแต่วันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2566 เป็นต้นไป

สำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัดนครนายก เป็นหน่วยงานราชการบริหารส่วนภูมิภาค ประกอบด้วยส่วนงานต่างๆ ดังนี้

1. ส่วนอำนวยการ 

2. ส่วนสิ่งแวดล้อม

3. ส่วนทรัพยากรธรรมชาติ

4. ส่วนทรัพยากรน้ำ

5. ส่วนยุทธศาสตร์